La restauration a pour but la mise en valeur de ce qui subsiste d’un objet.
Elle ne peut être entreprise sans l’assurance d’une parfaite innocuité, immédiate et à long terme, des gestes et des produits utilisés.
Elle fait appel à différents spécialistes : restaurateurs spécialisés dans les céramiques, le verre, le métal, les mosaïques…, dont la connaissance des matériaux permet non seulement de poser le bon diagnostic sur l’état d’une œuvre mais aussi de proposer des solutions de restauration.
Les collections archéologiques font l’objet d’une politique de restauration régulière.
Depuis 1994, cette politique s’est traduite par plusieurs programmes de restauration qui ont concerné quasiment tous les types de mobilier : céramique, verre, métaux, sculpture, lapidaire, peintures murales, mosaïques, opus sectile, placages muraux en marbre, objets en bois.

1520 pièces archéologiques ont fait l’objet de restauration par un restaurateur-conservateur :
 466 en céramiques, 16 en verres, 832 monnaies et objets en métal,
 11 mosaïques,
 4 opus sectile
 11 peintures murales,
 10 objets en bois,
 151 éléments architecturaux,
 19 éléments statuaires

La qualité de conservation des collections de la Mission Archéologique a permis de présenter des pièces restaurées lors des 18 expositions organisées en 15 ans.