Ses collections comptent 376.000 spécimens, dont de très beaux herbiers (150.000 spécimens). Le musée est surtout connu pour ses collections de paléontologie, notamment de dinosaures : près de 1000 restes de dinosaures. La paléontologie compte également de nombreux végétaux fossiles (4600 spécimens), dont la collection du Marquis de Saporta, l’un des fondateurs de la paléobotanique.
Le muséum est actuellement installé dans un très bel hôtel particulier construit en 1672-1676, l’hôtel Boyer d’Eguilles, où il occupe 1600 m² (les réserves, qui occupent 800 m² sont situées dans un autre lieu). Il est ouvert tous les jours au public (30.000 visiteurs par an en moyenne), et accueille de nombreux enfants dans le cadre des ateliers offerts aux classes et durant les vacances. Pour cela, il s’appuie sur 3 médiateurs scientifiques.
Le muséum accueille régulièrement des expositions. Il participe activement à toutes les manifestations nationales comme le "printemps des musées", les "journées du patrimoine", et la "semaine de la science".

Réaménagement et nouveautés dans les collections permanentes :
Le mois de novembre 2009 a signé la fin du réaménagement des salles d’expositions permanentes.
La salle de la biodiversité a été transformée, notamment la vitrine retraçant les différentes espèces de singes a laissé la place à un nouveau sujet : ’’l’arbre du vivant’’.
Les vitrines sur la préhistoire ont été déplacées pour rejoindre la salle consacrée à l’évolution des hominidés, située derrière la salle ’’Géologie’’.
Le déplacement des vitrines sur la préhistoire a permis la création de cinq nouvelles vitrines qui présentent différents milieux naturels et la faune qui les peuple :
 La forêt amazonienne.
 La Plaine de la Crau en Provence.
 Le désert du Sahara.
 La steppe d’Europe Centrale.
 La garrigue méditerranéenne.

Henri Coquand (1813-1881)
C’est à partir de sa collection et une aide du Conseil municipal d’Aix en 1838, que le musée d’Histoire naturelle est créé.

Muséum d’histoire naturelle
6 rue Espariat
Tél. 04 42 27 91 27 - Fax. 04 42 27 43 88
http://www.museum-aix-en-provence.org/
Ouvert tous les jours au public de 10h à 12h et de 13h à 17h